FlexS

flexs voorspelt de conformatie en oriëntatie van één van de liganden ten opzichte van de andere. In flexs de referentie-ligand wordt verondersteld stijf te zijn, waardoor zij in een conformatie die vergelijkbaar is met de gebonden toestand gegeven. De superpositie algoritme in flexs vereist slechts weinig handmatige interventie. U kunt deze kennis in de berekeningen te integreren met flexs door het uitvoeren van enkele stappen handmatig. Aldus flexs ontworpen voor interactieve werk ligand paren en voor ligand gebaseerde virtuele screening. De twee belangrijkste toepassingen van flexs zijn ligand super positionering (bv. Voor COMFA / QSAR) en virtuele screening. Als je een eiwit en een klein molecuul binden aan het (de zogenaamde referentie-ligand), maar geen structuur van het eiwit, kunt u de referentie-structuur te nemen als een negatieve vingerafdruk van de actieve site. Flexs bepaalt de gelijkenis tussen de test en de referentie-structuur door het gelijktrekken van hen. In virtuele screening, heb je een referentie-ligand en een set van verbindingen en bent u geïnteresseerd in de prioritering van de verbindingen voor experimentele testen zijn.